مشاهده پایان‌نامه‌هایی که درصد همانندجویی آن‌ها در نرم‌افزارهای تشخیص  پلاجریسم ،مانند Turnitin ، همانندجویی ایرانداک یا مشابه آن صفر درصد گزارش می‌شود، بسیاری از اساتید، دانشجویان و مدیران دانشگاهی را به شک می‌اندازد. این پدیده لزوماً نشانهٔ صداقت کامل علمی نیست و اغلب نشان‌دهنده محدودیت‌های ذاتی ابزارهای تشخیص پلاجریسم است. ابزارهای تشخیص plagiarism عمدتاً بر پایه مقایسه متن با پایگاه‌های داده موجود، جستجوی الگوهای مشابه و محاسبه درصد هم‌پوشانی کار می‌کنند. با این حال، تحقیقات متعدد نشان داده‌اند که این ابزارها در برابر تکنیک‌های نوین ناکارآمد هستند. یکی از چالش‌های جدی عصر حاضر، ظهور ابزارهای هوش مصنوعی generative مانند ChatGPT است. مطالعاتی که abstracts علمی تولیدشده توسط ChatGPT را با abstracts اصلی مقایسه کرده‌اند، نشان می‌دهد که تشخیص‌دهنده‌های plagiarism اغلب این متون را به عنوان «اصل» شناسایی می‌کنند و درصد همانندجویی نزدیک به صفر گزارش می‌دهند، در حالی که محتوای آن کاملاً توسط هوش مصنوعی تولید شده است. این مسئله باعث شده است که برخی پژوهشگران عنوان کنند «آیا امتیازات similarity و تشخیص AI هنوز ارزشمند هستند؟» علاوه بر این، پارافریزینگ اینترنتی (internet-based paraphrasing tools) می‌تواند متون کپی‌شده را به شکلی تغییر دهد که ابزارهای استاندارد تشخیص ندهند.  تحقیقات نشان می‌دهد که حتی وقتی دانشجوها از این ابزارها استفاده می‌کنند، محصول نهایی اغلب به عنوان کارجدید تشخیص داده می‌شود. مطالعات مقایسه‌ای روی ابزارهای مختلف تشخیص plagiarism نیز ضعف‌های سیستمیک را آشکار کرده است. تست‌های گسترده روی نرم‌افزارهای مختلف نشان داده که هیچ ابزاری ۱۰۰ درصد قابل اعتماد نیست و نرخ خطای false negative (عدم تشخیص پلاجریسم واقعی) در آن‌ها قابل توجه است. این ابزارها معمولاً فقط هم‌پوشانی مستقیم یا نزدیک به مستقیم را تشخیص می‌دهند و در برابر بازنویسی عمیق، ترجمه، یا ترکیب ایده‌ها از منابع متعدد ناتوان هستند.از سوی دیگر، برخی پایان‌نامه‌ها به دلیل موضوع بسیار تخصصی، استفاده از منابع غیرانگلیسی، یا تمرکز بر داده‌های میدانی بومی ممکن است واقعاً مشابهت پایینی داشته باشند. اما صفر درصد مطلق، به‌ویژه در رشته‌های علوم انسانی و اجتماعی که استناد به ادبیات غنی ضروری است، خود یک پرچم قرمز (red flag) محسوب می‌شود. نتیجه‌گیری درصد همانندجویی صفر درصد نباید به معنای تأیید خودکار اصالت پایان‌نامه تلقی شود. این رقم بیشتر محدودیت‌های فعلی فناوری تشخیص plagiarism را نشان می‌دهد . دانشگاه‌ها برای مقابله با این مشکل نیاز به ترکیبی از ابزارهای فنی، بررسی انسانی دقیق  آموزش اخلاق پژوهش، و به‌روزرسانی سیاست‌های academic integrity در عصر هوش مصنوعی دارند. بدون این رویکرد چندلایه، خطر «پلاجریسم نامرئی» به طور فزاینده‌ای تهدیدکننده کیفیت علمی خواهد بود. فقط با تکیه بر یک عدد (هرچند صفر) نمی‌توان حکم به سلامت علمی داد. در این خصوص اساتید راهنما، داوران جلسه دفاع می بایست  دقت بیشتری داشته باشند تا پایان نامه ها دارای سلامت بیشتری باشند.